감사원은 이날 오후 입장문을 내고 "감사원 감사는 객관적 증거를 통해 오직 실체적 진실을 밝히는 것이 목적일 뿐 '정치 보복'이나 '정치 감사'와 아무 관련이 없다"며 이같이 말했다.
앞서 김성환 민주당 정책위의장은 이날 오전 당 국정감사대책회의에서 "헌법에 근거한 감사원법은 감사원에 정치적 독립의 지위를 부여했다"며 "그런데 감사원이 정권의 사냥개로 전락해 연일 표적 감사, 정치 감사를 일삼는다"고 주장했다.
양경숙 의원도 유병호 감사원 사무총장과 이관섭 대통령실 국정기획수석의 '문자메시지 논란' 등을 언급하고 "대통령실과 내통한 것도 모자라 감사위원회 의결 없이 수사를 요청한 건 감사원법을 부정하고 존립마저 위태롭게 하는 범죄 행위"라고 강도 높게 비판했다.
또한 감사원은 "정당한 감사를 공직자·민간인 사찰이라거나, 전 정권 기관장을 겨냥한 '표적 감사'라는 지적에 대한 입장은 다음과 같다"며 "객관적 기준에 따라 선정된 60개 기관의 예산집행 및 복무관리 자료를 수집 분석해 최종 19개 기관을 대상으로 착수된 것으로 표적 감사와는 무관하다"고 해명했다.
그러면서 "자료 수집 과정에서 현재 재직 중인 관리자급 임직원의 현황자료만을 요구했고, 감사 목적 외의 불필요한 자료가 포함된 사실을 인지한 즉시 해당 자료를 파기했다"고 부연했다.
감사원은 "앞으로도 변함없이 직무상 독립성과 정치적 중립성을 확고히 지키며 법과 원칙에 따라 공정하게 감사를 수행하는 등 오로지 대한민국과 국민의 기대와 신뢰에 부응할 수 있도록 최선을 다할 것"이라고 전했다.