국세청에 따르면 외국인 근로자의 연말정산 절차·방법은 기본적으로 내국인 근로자와 같다. 단 일부 조세 특례와 공제 범위 등에서 차이가 있다.
외국인 근로자의 경우 국내에서 처음 일을 시작한 날부터 5년간 연간 급여(비과세급여 포함)의 19% 단일세율로 세액을 계산하고 정산하는 방법을 선택할 수 있다. 엔지니어링 기술 도입 계약을 체결하거나 외국인 투자기업 연구원으로 근무하는 등 요건을 충족한 외국인 기술자는 5년간 발생한 근로소득의 산출세액 가운데 50%가 감면된다.
원어민 교사 가운데 우리나라와 교사(교수) 면세조항을 포함한 조세조약을 체결한 미국, 영국 등 국가 거주자로 면세 요건을 충족하는 외국인은 일정 기간 받는 강의·연구 소득에 대해 면세 혜택을 받을 수 있다.