기존 질환별 특성에 따른 군(群) 분류에서 질환의 심각도, 전파력, 격리수준을 고려한 급(級) 분류로 개편되는 것이 주된 골자다.
주요 변경사항으로는 바이러스성 출혈열(1종)을 개별 감염병(에볼라바이러스병, 마버그열, 라싸열, 크리미안콩고출혈열, 남아메리카출혈열, 리프트밸리열)으로 분리·열거, 인플루엔자·매독을 제4급감염병(표본감시대상)으로 변경, 사람유두종바이러스감염증을 제4급감염병에 신규 추가 등이다.
또 분류체계 개편 취지에 맞춰 급별 신고기간을 세분화해 메르스, 에볼라 등 1급 감염병의 경우 신고서 제출 전 관할 보건소장 또는 질병관리본부장에 신속한 구두·전화 신고하도록 변경됐다.