증권업 유관기관장은 좀처럼 다른 유관기관에 대한 코멘트를 하지 않는 게 관례였다. 그러나 유재훈 사장은 이례적으로 이번 정부 방안에 대해 공식적인 입장을 내놓았다. 그는 예탁원 지분을 75% 이상 보유하고 있는 대주주인 거래소가 이를 50% 이하로 낮추겠다고 밝힌 데 대해서도 반겼다.
거래소는 2003년에도 예탁원 지분을 50% 이하로 낮추는 방안에 동의한 바 있다. 그러나 당시에는 말로만 그쳤다. 드러난 구체적인 이유가 있지는 않지만, 애초 거래소가 예탁원 대주주 지위를 놓을 생각이 없었던 것처럼 보였다. 예탁원은 2014년 기준 40%에 달하는 배당성향을 보였다. 순이익 가운데 절반에 맞먹는 40%를 주주에게 배당했다는 얘기다. 거래소는 이를 통해 150억원 이상을 얻었다.
금융위원회는 이번 방안을 내놓기 직전까지도 예탁원 지배구조를 어떻게 바꿀지 생각이 많았던 것으로 알려졌다. 지금처럼 코스콤뿐 아니라 예탁원까지 거래소 자회사로 두는 방안도 이런 생각에 포함돼 있었을 것이다. 코스콤이 자본시장 정보기술(IT) 사업을, 예탁원은 청산 기능을 하면서 지주인 거래소 아래 속해 있으면 되기 때문이다.