교총은 조 교육감이 시간을 갖고 자사고 문제의 해법을 찾는 유연함을 가졌다는 데 의미가 있고 갈등이 다소 줄거나 시간을 벌수 있겠지만 근본적인 해결책이 되기 어려운 가운데 자사고 제도가 가진 과다한 수업료 등 문제점을 개선하고 일반고의 교육과정 편성의 자율권 확대를 통해 자사고와 일반고가 함께 상향평준화할 수 있는 방안을 마련할 필요가 있다고 지적했다.
교총은 자사고 문제를 자사고-일반고의 이분법적 대립구도가 돼서는 안 된며 자사고의 일반고 전환이나 폐지만이 현재 고교 및 우리 교육이 가진 문제를 해결하는 만병통치약이 아니라고 강조하기도 했다.
교총은 조 교육감과 서울교육청이 전문계중 신설 및 전문계고 육성 강화 방안 등을 포함해 고교체제에 대한 의견을 폭넓게 수렴해 종합적인 공교육의 질을 제고하는 틀에서 정책을 추진해야 한다고 지적했다.
교총은 특목고가 설립취지에 맞게 운영되는지 평가를 통해 문제가 있으면 개선하는 것은 필요하다고 보지만 자사고 논란과 같이 특정목적을 갖고 특목고 평가를 시행할 경우 또 다른 갈등과 논란 발생이 우려된다고 밝혔다.