장마기간 계속되는 비로 인해 고온 다습한 환경이 되면, 고추에 치명적인 탄저균과 역병균의 활동이 활발하여 발병되기 쉽고, 한번 병이 발생하게 되면 급속히 퍼져 방제하기 어렵다.
탄저병은 6월 중하순부터 발생하여 8~9월 온도가 높고, 다습한 조건에서 급속히 증가하며, 과실에 피해를 일으켜 수량이 떨어지는 원인이 된다. 이를 방제하기 위해서는 예방 위주 전문약제를 10일 간격으로 과실에 약액이 충분히 묻도록 밑에서 위로 뿌려주고, 비가 온 후에는 반드시 방제를 실시하는 것이 좋다. 또한 병든 과실은 빨리 제거하고, 이랑사이에 짚이나 부직포 등을 깔아 빗물이 튀어 균이 과실로 전염되지 않도록 해주는 것이 중요하다.
역병은 전 생육기간에 발생하지만, 특히 온도가 25~30C 조건에 비가 많이 올 때 심하게 발생되어 뿌리, 줄기, 잎, 과실 등 모든 부분에 피해를 일으키며, 6월부터 시작하여 장마기 이후에 급격히 증가한다.
청양군농업기술센터 관계자의 말에 의하면 “이어짓기 한 밭에서 발생이 심하고, 일단 발생 한 경우 약제방제 효과가 낮아 예방 위주로 비가 오기 전에 약제를 뿌려주고, 배수로 정비로 역병균과 탄저균이 빗물로 인한 전염을 예방하고 병든 포기는 포장내에서 빨리 제거해줘야 한다”고 말했다.