이명박 전 대통령이 재임하고 있었던 지난 2009년 초부터 검찰은 박연차 게이트 수사를 본격화하기 시작했고 결국 고 노무현 전 대통령은 검찰 수사를 받다가 그 해 5월 23일 자살로 생을 마감했다. 당시 고 노무현 전 대통령 변호인은 문재인 대통령이었다.
당시 문재인 대통령은 MBC와의 통화에서 “사건 발생하고 아무 상관 없잖아요. 아주 비열하고 치사하고 나쁜 짓이라는 것에 대해서”라며 시계 로비 등 언론 보도에 대해 검찰이 언론 플레이를 한다며 강하게 비난했다.
역시 이명박 전 대통령 재임 시기였던 2010년 12월 문재인 대통령은 서울 서초동 서울중앙지검 청사 앞에서 수 차례 조현오 당시 경찰청장 소환 조사를 요구하는 1인 시위를 했다. 문재인 대통령은 당시 노무현재단 이사장이었다.
4대강 사업 정책 감사 지시가 고 노무현 전 대통령 서거로 인한 문재인 대통령과 이명박 정부 사이의 악연과 관련됐는지 여부는 아직은 알 수 없지만 4대강 사업 정책 감사 지시를 계기로 문재인 대통령과 이명박 정부 사이의 악연은 다시금 주목받고 있다.