작품의 허리 겪인 유정 선배 역을 연기하는 박해진의 분량은 10회부터 확연히 줄었다. 원작에서는 유정의 대사를 서강준이 연기하는 백인호가 내뱉자 원작 팬들의 분노는 극에 달했다. 원작을 보지않고 드라마만 폰 팬들 역시 “박해진의 분량이 왜 이렇게 박해진 것이냐”며 의문을 품었다.
박해진 역시 “현장에서 분위기도 좋았고, 열심히 촬영했는데 왜 찍은 장면이 드라마에 나오지 않는지 모르겠다”고 여러 인터뷰를 이야기 하면서 논란에 힘을 실었다.
드라마 ‘치즈인더트랩’의 웹툰 원작자 순끼 작가가 블로그에 드라마 연출에 공식적으로 불만을 제기하자 논란은 겉잡을 수 없었다. 순끼는 24일 블로그에 “매체가 다른 만큼 원작과 전혀 다른 느낌으로 드라마 제작을 희망했다. 그러나 정작 나온 드라마는 ‘원작 충실’이라는 기사로 나왔다”며 “원작에 충실하게 제작되는 동안 제게는 연락이 없었고 드라마가 어떤 내용으로 제작되는지 알 수 없었다”고 폭로했다.
연출을 맡은 이윤정 PD는 25일 ‘일간스포츠’와의 전화 인터뷰에서 최근 불거진 연출에 대한 논란에 “나중에 자리하게 되면 말하겠다”며 말을 아꼈다. 그러면서 이윤정 PD는 “내가 아닌 드라마 팀장과 얘기해달라. 그의 말이 곧 제작진의 말”이라며 발을 뺐다.
초반 드라마의 인기에 힘입어 일찍이 포상 휴가 계획까지 세웠지만 주연 배우 박해진 측이 “포상 휴가에 대해 어떠한 내용도 전달 받지 못했다. 함께 하지 못 할 것 같다”는 입장을 내놓으면서 좋은 취지의 포상 휴가마저도 상처로 얼룩지게 됐다.