교육감이 갖는 권한은 △예산 편성권 △교원 인사권 △학생인권조례 제정 △특목고 설립 인가권 △혁신학교 확대 결정권 등이며 교육 대통령으로 불릴 정도로 기타 권한이 많다. 서울시 교육감이 다루는 예산규모만 7조 원이 넘는다.
지난 4년간 진보 교육감은 무상 급식과 학생인권조례 등을 정책으로 추진했고 이명박 정부가 내세운 전국 단위 학업성취도 평가를 거부했다. 특히 현 정부가 추진하는 자유학기제와 선행학습 금지법 등도 역풍을 맞을 수 있다.
교육복지 부분에서는 큰 진통이 예상된다. 진보교육감이 추진하는 무상교육은 재원 확보가 중요하지만 경기부진으로 인한 세수부족으로 지방교육재정이 빠듯한 상황이다.
또한 고등학교 한국사 교과서 문제도 민감한 사안이다. 진보 교육감은 ‘친일독재 미화 역사교과서 반대’와 ‘대안적 역사교과서 발행’을 공약으로 내걸고 있어 오는 7월 교육부가 한국사를 국정 교과서로 전환하면 반발을 부를 가능성이 크다.
교육계의 한 관계자는 "역사상 처음으로 진보 교육감이 대거 당선됨에 따라 중앙정부 정책이 제동이 걸리는 환경이 조성될 수 있다"며 "중앙정부와 진보 교육감 간 갈등으로 학교 현장이 '샌드위치'가 되는 사례가 재현될 수 있을 것"이라고 우려했다.