농진청은 1962년 4월 농림부 외청으로 독립했다. 당시 정부가 농업증산 5개년 계획을 시행함에 따라 농진청도 '통일벼'와 '서울 배추' 등 신품종 개발에 성공하며 식량증산에 이바지하는 녹색혁명을 이뤄냈다. 비닐하우스 기술을 개발한 1980년대는 들판이 하얗게 물들었다고 해서 '백색혁명' 시기로 표현한다.
2000년대에 들어서는 대외적으로 세계무역기구(WTO)가 출범하는 등 각종 국제 협약이 가시화되면서 무역 장벽에 부딪히기도 했다. 정부 조직 개편에 따라 소속이 바뀌거나 폐지론이 거론되는 등 위기도 겪었다.
2014년 전북 전주로 본청을 이전한 뒤에는 농업·농촌 가치를 재발견하는 가치혁명 시대를 열었다. 축산업을 바이오 분야와 접목해 고소득 창출이 가능한 부가가치 산업으로 탈바꿈을 시도했다. 도시에서는 실외 텃밭과 주말농장 등 주변 환경을 정화하고 시민 삶의 질을 높이는 사업을 실시했다.
박병홍 농진청장은 "한국판 농업뉴딜은 선택이 아니라 꼭 추진해야 하는 것이고, 성공해야 할 우리 농업 발전의 핵심 과제이자 사업"이라고 강조했다. 그러면서 "위기의 농업을 기회의 농업으로, 소멸 위험에 놓인 농촌을 사람 붐비는 농촌으로, 농업을 사양산업에서 미래성장산업으로 탈바꿈해 나가겠다"고 힘줘 말했다.