자격 요건은 △전공의 수련병원 및 지방의료원에서 진료과장 이상으로 4년 이상 근무한 사람 △종합병원 원장으로 3년 이상 근무한 사람 △의사면허 취득 후 10년 이상의 의료경력이 있는 사람 △보건·의료분야의 4급 이상 공무원으로 4년 이상 재직한 사람 △병원경영의 전문가 또는 경영분야의 전문가로서 탁월한 실적이 있는 사람 등이다.
신임 의료원 원장은 공모결과, 응모한 자 중에서 임원추천위원회(제주의료원 추천 4명, 도의회 추천 1명, 도지사추천 2명 등 모두 7명)에서 의료원 운영에 전문적인 식견과 능력에 대한 심사를 거쳐 2배수 이상을 추천하면 도지사가 임명한다.
제주의료원장에 응모하고자 할 경우에는 소정양식에 의한 지원서, 경력증명서, 자기소개서, 직무수행계획서 및 자격증(면허증) 사본 등을 작성, 접수기간인 오는 29일부터 다음달 2일까지 도 보건위생과로 제출하면 된다.