다만 삼성물산 합병과 관련해 청와대로부터 지시를 받거나 해당 기업으로부터 요청을 받은 바 없고, 국민연금공단으로 하여금 합병에 찬성토록 구체적·명시적으로 지시한 바 없다면서 혐의는 부인했다.
문 이사장은 이날 ‘사퇴의 변’을 통해 “진실을 밝히고자 최선을 다했으나 진실은 묻혀버렸고, 오로지 ‘국민연금이 삼성물산 합병과정에서 찬성한다’는 결과만 부각돼있어 안타깝다”며 “계속 이사장직을 유지하는 것은 오히려 국민연금공단에 부담을 가중시키는 일이기에 자리에서 물러나는 것이 마땅한 도리라고 생각했다”고 밝혔다.
이어 “이제 국민연금공단 이사장직을 내려놓고 재판에 최선을 다하고자 한다”며 “모든 것이 올바른 자리로 되돌아가길 바란다. 30년 연금제도 역사와 같이 해왔던 국민연금 학자로서 국민연금 발전에 보탬이 될 수 있는 길이 있다면 기꺼이 함께 할 수 있기를 소망한다”고 말했다.
국민연금에도 당부의 말을 남겼다. 그는 “부족한 저로 인해 따가운 시선과 눈총을 감내했을 6000여 임직원 여러분께 깊이 고개 숙여 위로의 말씀을 드리고, 이번 일이 ‘1국민 1연금’에 걸림돌이 되지 않기를 간절히 바란다”고 당부했다.