그러나 코성형 수술의 보편화에 따라 여러 부작용과 불만족스러운 수술 결과로 고통 받는 사람들 또한 많아지고 있다. 이는 대부분 단순히 외형적인 모양만을 생각하여 수술 후 몇 년씩 지나야 생기는 부작용을 간과하고 시술한 결과이다.
대표적인 사례가 바로 휘어진 코를 교정할 때이다. 휘어진 코는 외비 중 골 부위나 연골 부위가 외부 충격에 의해서 휘어지거나, 성장하면서 비정상적으로 기울어져 발생하는데 대개 코 안 연골이 휘는 증상(비중격만곡증)이 동반되어 있다. 때문에 휘어진 코를 교정할 때는 이 두 가지를 동시에 교정해야 재발률을 낮출 수 있다. 또한 콧등의 연골 부위와 코끝은 연골 특성상 탄력이 있어 수술 후 원래의 비정상적인 모양으로 돌아가려는 성질이 강해 교정 시 다양한 수술 방법과 경험을 요구한다.
그 외에도 코성형 시 실리콘을 삽입할 경우 실리콘으로 인해 코끝이 처지거나 수술 후 코가 막히는 경우가 있다. 많은 사람들이 이러한 실리콘으로 인한 합병증을 두려워한다. 이 같은 부작용이 염려되는 경우에는 코의 물렁뼈와 같은 자가 조직을 이용하거나 인조살(알로덤)을 이용하여 코성형을 하는 것도 가능하다.