HACCP를 희망하거나 운용하고 있는 가공업체에서 미생물검사는 작업자의 개인위생관리 및 HACCP 검증시 반드시 필요하여 실험실을 설치 운영하고 있으나 전문지식을 습득할 교육기관의 부족으로 어려움을 겪고 있었다.
이에 연구소에서는 2009년부터 현재까지 276개 업체 279명에 대하여 HACCP에 대한 이해도를 높이고자 효과적인 선행요건프로그램 및 기준서 운영방법 등 이론교육과 교육생이 직접 배지를 만들고 실험재료를 만들어 접종하는 등 실무위주의 교육으로 업체의 어려움을 해소하고 있다.
또 HACCP 운용시 각 회사별 문제점을 1:1 맞춤형으로 해소하고 있어 2011년부터 실시한 HACCP 조사‧평가 결과 부적합율이 16.1%에서 2013년 13.2%로 감소한 것 등이 교육의 효과로 볼 수 있다고 하였다.