우선 여야는 TV로 생중계된 토론회에서 사고 발생 원인에 대해 각기 다른 진단을 내렸다.
새정치민주연합 한정애 대변인은 "이명박 정부 때 선박 연령 제한을 20년에서 30년으로 늘리지 않았다면 세월호는 존재하지 않았을 것"이라며 "또한 해양수산부와 해경이 과적 단속 등 감시 역할을 등한시했으므로 이번 참사는 관재"라고 지적했다.
정의당 이정미 대변인도 "세월호 사고는 규제 완화가 가장 큰 주범으로, 정부가 선박연령 제한을 풀어줬고 기업 특혜 봐주기에 골몰하며 위험천만한 정책을 추진했다"고 비판했으며, 통합진보당 이상규 정책위의장도 "이명박정부 때 규제 완화로 세월호같은 배가 들어왔다"고 주장했다.
여야는 박근혜 대통령이 밝힌 가칭 '국가안전처' 신설 등 국가재난관리시스템 개선방안을 놓고도 찬반 논쟁을 벌였다.
강은희 원내대변인은 "실제 국가적 재난 발생 시 일사불란하게 대처할 국가적 시스템이 마련돼야 한다"며 국가안전처 신설의 필요성을 강조한 반면, 한정애 대변인은 "아무리 조직이 잘 만들어진들 지금 같은 재난대응방식이면 무위로 돌아가므로 진상규명 후 조직을 손보는 게 맞다"고 주장했다.
이와 함께 여야는 세월호 참사의 진상 규명을 위한 국정조사와 특별검사 도입 문제를 놓고도 이견을 보였다.
한정애 대변인은 "청문회와 국조를 5, 6월 국회를 이용해 반드시 해야 한다"고 했고, 이상규 정책위의장도 "먼저 내각부터 총사퇴하고 국회는 즉각 국정조사를 발동하고 특검을 실시해야 한다"고 주장했다.
그러나 강은희 원내대변인은 "국정조사가 필요하지만 현재 관련 부처가 구조에 몰두하고 있으므로 이 부분이 정리된 뒤 단계를 밟아 논의하자"고 맞섰다.
한편 여야는 이날 토론회의 두 번째 주제인 국가정보원 개혁 문제를 놓고도 논쟁을 이어갔다.
한정애 대변인은 "불법 대선개입, 간첩사건 증거조작을 국정원의 존립 이유로 봐야 하는가"라며 "국정원만 가진 대공수사권의 행태를 유지했으나 제대로 된 대공 수사가 안 되는만큼 대공수사 기능을 경찰에 이첩하라"고 요구했다.
이에 대해 강은희 원내대변인은 "국정원이 간첩사건 증거를 조작한 것은 과거의 수사 관행을 답습해서 일어난 잘못된 일"이라며 "잘못된 관행을 뿌리부터 개혁해야 하지만 간첩활동을 수사할 수 있는 조직은 현재는 국정원밖에 없다"고 반박했다.