박 당선인은 대선공약을 통해 검찰개혁 방안은 명확히 했지만 나머지 권력기관에 대해서는 별다른 언급을 하지 않았다. 그러나 대선 캠프에서 권력기관 개혁안 마련을 주도한 정치쇄신특위는 검찰 외의 권력기관 개혁안을 꾸준히 논의해 왔다.
국세청 개혁안은 박 당선인이 공약하지 않았지만 경찰과 마찬가지로 정치쇄신특위에서 논의됐다. 우선 세무조사에 있어서 절차에 문제가 있다는 지적이 있었다. 세무조사가 압수수색영장을 발부받는 등 민주적 절차에 따라 진행돼야 한다는 것이다.
한 특위 위원은 "경찰이나 검찰은 법관의 영장심사에 의해 견제를 받지만 국세청은 통제를 전혀 안 받고 영장 없이 회사의 모든 자료를 거둬간다"며 "회사는 더 큰 보복이 두려워 말도 못하는 등 절차적 문제가 많다"고 말한 바 있다.
서울지방국세청 조사4국을 폐지하는 방안도 거론된 것으로 알려졌다. 박 당선인이 대검 중수부 폐지를 약속했듯이 서울국세청 조사4국을 폐지하고 대신 1·2·3국의 세무조사 기능을 강화한다는 얘기다.
서울국세청 조사4국은 '국세청의 중수부'로 불리며 정권의 권력행사를 위해 활용됐다는 논란이 끊이지 않았다. 정권에 밉보인 업체에 '청와대 하명성' 세무조사를 실시하고 '세금폭탄'을 때려왔다는 것이다. 인수위 안팎에서는 국세청이 자체 개혁안으로 이 방안을 인수위에 보고할 예정이라는 얘기까지 돌고 있다.
이에 대해 국세청의 한 관계자는 "정책 입안자들이 한다면 하는 거지, 국세청은 묵묵히 따라갈 뿐"이라면서도 "하지만 조사4국이 폐지된다면 유사휘발유처럼 무자료 판매자들 같은 악질 탈세범을 손놓고 지켜봐야 할 것"이라고 우려했다.