이번에 지하수 모니터링은 1분기와 동일하게 국립환경과학원, 지방환경청, 지자체에서 가축매몰지 주변 300m 이내 이용 중인 지하수 관정을 대상으로 2011년 4월부터 6월까지 실시됐다.
1단계 조사에서 암모니아성질소, 염소이온, 질산성질소 등이 고농도로 검출됐거나 동반검출된 지점, 매몰지와 이격거리 등을 고려해 추가로 아미노산 및 mtDNA 방법에 의해 정밀분석(각각 334 및 105개소)을 실시해 지하수오염 원인을 규명했다.
환경부 3000개 조사 시료 중 2500개소는 (사)한국지하수토양환경학회에 용역의뢰로, 500개소는 지방환경청에서 수행했다.
지하수 관정 1003개소에 대한 병원성미생물 조사는 반기별 1회 이므로 1분기 조사와 결과가 동일해 본 자료에선 제외했다.