이에 따라 미국산 쇠고기의 광우병 위험성을 다룬 PD수첩 보도가 법적으로 정당했는지는 대법원의 공으로 넘어갔다.
조 PD 등은 2008년 4월 29일 PD수첩 ‘긴급취재 미국산 쇠고기, 과연 광우병에서 안전한가’ 편에서 미국산 쇠고기의 광우병 위험성을 왜곡보도해 정운천 전 농림수산식품부 장관 등의 명예를 훼손하고 쇠고기 수입업자의 업무를 방해한 혐의(명예훼손, 업무방해)로 불구속 기소됐으며 1심에서 무죄 판결을 받았다.
앞서 2일 항소심 재판부도 ‘다우너 소(주저앉은 소)가 광우병에 걸렸을 공산이 매우 큰 것처럼 다룬 부분 등 일부 내용이 사실과 다르지만 허위사실 보도로 명예를 훼손하려는 고의가 있다고 단정할 수 없다며 무죄를 선고했다.