통합기관의 조직은 현재의 3기관 3부, 27과, 2재배관리소, 24지원, 33사무소를 권역별로 광역화하는 형태로 재편된다. 인력은 현재 3개 기관의 정원을 유지하되 기관통합으로 발생하는 잉여인력은 위험평가, 수산, 신종위해물질, 검역현장 등 상대적으로 취약한 분야에 재배치할 계획이다.
통합시기는 행정안전부 등 관계 부처와 협의를 거쳐 결정할 예정이나 기존 3개 기관의 2012년 혁신도시 이전 계획과 연계해 혁신도시 이전까지는 본부를 경기도 안양에 두고 2012년 이후에는 경북 김천 혁신도시로 이전할 예정이다.
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