농수산식품검역검사기관의 조직은 현재의 3기관 3부, 27과, 2재배관리소, 24지원, 33사무소를 권역별로 광역화하여 현장중심으로 효율성을 제고하도록 개편할 계획이다.
인력은 현재의 3개 기관 정원을 유지하되 기관통합으로 발생하는 잉여 공통인력은 위험평가, 수산, 신종위해물질, 검역현장 등 상대적으로 취약한 분야에 배치할 방침이다.
통합 일정은 관계부처와 협의를 거쳐 시행할 예정이다. 3개 기관의 2012년 혁신도시 이전계획과 관련해 2012년 혁신도시 이전까지는 본부를 경기도 안양에 두고 그 이후에는 경북 김천 혁신도시로 이전할 예정이라고 농식품부는 밝혔다.
다만 본부의 수산물안전분야는 당초 수산물품질검사원이 부산 혁신도시의 해양수산클러스터로 이전하기로 한 계획과 부산의 수산업 비중, 수산업계의 여론 등을 감안하여 부산 혁신도시(동삼지구)에 두기로 했다.
농식품부 관계자는 "기관 간 인력 및 시설의 공동 활용을 통해 농축수산물 수입량 증가에 따른 검역검사 수용에 효율적 대응이 기대된다"며 "농수축산물에 대한 검역검사 기능을 총괄하는 기관의 출범으로 방역체계 구축 등 지방자치단체와의 업무 연계성도 강화될 것"이라고 말했다.
그는 이어 "기관 통·폐합에 따른 기관 유지비 감소 등을 감안할 때 매년 10억원 이상의 예산 절감효과도 거둘 수 있을 것"이라고 내다봤다.
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