1922년 서울에서 태어난 고인은 연희전문학교(현 연세대) 문과와 서울대 대학원을 거쳐 미국 캘리포니아 버클리대에서 박사학위를 받았다.
그는 1964년 충남 공주 석장리 유적지를 발굴해 한반도에 구석기 시대가 있었음을 증명하며 '일본보다 한국이 인류의 정착이 늦었다'는 일제 식민사학의 주장을 뒤집었다.
세계 최초의 금속활자본인 직지심경 등 전통 인쇄기술 성과에 대해 많이 연구했고, 1995년 일본 총독부 건물의 철거를 주도해 식민지 역사의 청산에도 힘썼다.
구석기 시대 연구가 싹튼 석장리 유적지에는 고인의 업적을 기리고자 지난해 '파른 손보기 기념관'이 건립됐다. 파른은 늘 푸르름을 뜻하는 고인의 아호다.
외솔상 문화부문 학술상(1976), 옥관문화훈장(1990), 세종대왕 기념사업회 세종성왕상(2000), 위암 장지연 기념사업회 위암 장지연상(2003) 등을 받았으며 '한국구석기학 연구 길잡이'와 '구석기유적-한국ㆍ만주' 등의 저서를 남겼다.
유족으로는 부인 김서영 여사와 장남 명세(연세대 의대 교수), 장녀 송이(미국 메사추세츠대학 교수), 차남 경세(미국 뉴욕주립대 교수)씨가 있다.
빈소는 연세대 세브란스 병원 장례식장에 차려졌고 발인은 11월3일 오전 7시에 하며 장지는 분당 메모리얼 파크로 정해졌다.
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