국회에서 22일 오전 10시 시작된 대검 국감은 다음 날인 23일 오전 1시가 넘어 끝났다.
이번 국감에서 윤 총장은 "검찰총장은 법무부 장관 부하가 아니다"라고 발언해 논란을 일으켰다.
송기헌 더불어민주당 의원은 "구체적 사안에 대해 장관과 검찰총장은 상·하급자 관계"라고 지적했고 윤 총장은 "검사를 해보셨는데 그렇게 말씀하시면 안 된다"라고 대답했다. 지적에 대한 자세한 설명은 없었다. 송 의원이 질타를 이어가자 "제가 검사를 26년 한 사람이다. 왜 자꾸 억지 논리를 대냐"고 답했다.
윤 총장은 과거 고문치사 사건을 언급하며 "(라임 사건은)검사가 사람을 패 죽인 것과 다르다"라고 했다가 부적절한 표현이라는 지적을 받고 철회하기도 했다. 윤호중 법사위 위원장에게선 "반말을 하느냐"는 지적도 받았다.
조국 전 법무부 장관 수사 당시에는 심적 고통이 있었다고도 했다. 윤 총장은 "조 전 장관을 수사해야 하는지에 대해 저도 인간인 만큼 개인적으로 굉장히 번민했다"면서 "그 상황에서는 (수사가) 부득이한 것이었음을 이해해달라"고 호소했다.
박상기 전 법무부 장관에게 '조 전 장관 낙마'를 언급했다는 언론 보도에 대해서는 "'어떻게 선처가 될 수 있겠느냐'는 박 전 장관 질문에 답한 것일 뿐 그런 뜻이 아니다"라고 반박했다.
그러면서 "야당·언론에서 의혹이 계속 나오는데 만약 (조 전 장관이) 그냥 사퇴한다면 조금 조용해져서 일 처리하는 데에 재량과 룸(여유)이 생기지 않을까 싶어서 그렇게 말한 것"이라고 설명했다. 이어 "나도 사실 굉장히 힘들고 어려웠다. 그 말을 꼭 하고 싶었다"고 밝혔다.
박범계 민주당 의원은 "문재인 정부에서 수사 방해를 받은 적 있느냐"고 질문하자 침묵으로 일관했다.
박 의원이 과거 '국정원 댓글' 사건 수사 당시 윤 총장이 외압을 폭로한 사실을 언급하자 "검찰 생활을 겪으면서 참 부질없다는 생각을 많이 한다"며 "정치와 사법이 크게 바뀌는 것이 없는데 내가 편하게 살지 이렇게 살아왔을까 하는 생각도 많이 한다"고 말했다.
채널A 기자 '강요미수' 사건에 연루된 한동훈 검사장 비호설에 대해서는 "인사권도 없고 주변에서 다 '식물총장'이라고 하는데 누가 누구를 비호하느냐"고 사실과 다르다고 밝혔다.