한일 위안부 합의 논쟁이 있던 지난 2016년 한 시민단체 관계자가 '자기 딸을 강간한 가해자가 반성도 안 하는데 용서를 해주는 엄마가 어딨느냐'고 반박하자 주옥순씨는 "나는 용서한다"며 자신의 딸이 위안부로 끌려가도 일본을 용서하겠다는 취지의 발언을 해 논란을 자아냈다.
또한 촛불집회 당시에도 주옥순씨는 "촛불 시민들을 쏴 죽여야 한다"는 취지로 말해 군인권센터로부터 2017년 1월 내란 선동과 명예훼손 혐의로 검찰에 고발당하기도 했다.
한편, 5일 방송된 MBC '스트레이트'에서는 지난 1일 주한 일본대사관 앞에서 열린 엄마부대 집회에 대해 다뤘다.