개정된 표준지침은 앞서 발표한 ‘R&D혁신방안’ 등 정부 과학기술 주요 정책방향을 고려했으며, 연구관리 전문기관 실태조사, 지속적인 연구현장 및 전문가 의견수렴(9회) 등을 통해 제기된 문제점 및 건의사항을 반영했다.
우선 소액 기초과제의 중간·최종평가 면제, 보고서 분량 축소, 불필요 평가항목 삭제 등 연구자 평가부담을 완화시켰다. 전문가 자원이 협소한 특수·첨단 분야 전문가 상피제도 최소화, 퇴직과학기술인 활용, 책임평가위원제 도입, 충분한 검토시간 제공 등 평가위원 전문성도 제고하기로 했다.
또 SCI 논문 건수 지표 원칙적 폐지, 중간평가를 통해 과제목표 및 성과지표 조정을 가능하도록 했으며, 최종적으로 질적 성과지표 비중이 50% 이상이 되도록 하는 등 질적 성과 중심의 정성평가를 강화했다. 기초연구 시에는 창의성·도전성을 강조하고, 개발연구 시에는 기업수요와 성과활용에 중심을 두는 등 연구과제별 특성을 고려했다.