보도에 따르면 국세청은 SK해운과 싱가포르 소재 자회사인 SK B&T를 상대로 2010∼2014 회계연도에 대한 세무조사를 벌였다. 그 결과 법인세와 가산세 등으로 SK해운은 369억원, SK B&T는 51억원 등 총 420억원을 추징했다.
국세청의 세금 추징에는 SK해운과 SK B&T 사이의 사업권 거래가 적정한 가치 평가에 근거하지 않았다는 판단이 작용했다.
지난 2012년 SK해운은 51%의 지분율을 가진 SK B&T에 벙커링(바다에 떠 있는 어선이나 상선 등에 연료를 제공하는 서비스) 사업권과 관련 설비 일체를 매각했다. 이 과정에서 SK해운이 사업권 등의 가치를 지나치게 낮게 평가해 양도 차익을 축소했고, 결과적으로 법인세를 적정 수준보다 덜 냈다는 것이 국세청의 판단이다.
또 국세청은 SK해운이 SK B&T에 판매한 선박연료유에 대해서도 세금을 제대로 내지 않았다고 봤다.
한편 SK해운 측은 조세 불복 절차와 소송을 검토중인 것으로 전해졌다. 앞서 회사 측은 조사 과정에서 "벙커링 사업은 제3의 기관으로부터 가치 평가를 받아 양도했으므로 문제가 없다"고 주장했으나 받아들여지지 않았다.