개정안은 교육감과 지자체장의 예산 편성 협의는 지방교육행정협의회를 통해 실시하도록 규정했다.
종전 시행령은 교육감과 지자체장 간의 예산 편성 협의를 서면으로 실시하도록 하고 필요시 교육정책협의회를 두도록 했지만 서면협의를 원칙으로 해 실질적인 협의를 유도하는데 한계가 있고 교육정책협의회 기능이 지방교육자치에 관한 법률에 규정된 지방교육행정협의회와 중복된다는 지적이 있어 왔다.
개정 시행령은 교부금법 제11조제4항에 따른 교육감과 지자체장 간 예산 편성 협의를 지방교육자치에 관한 법률에 규정된 지방교육행정협의회를 통해 실시하도록 하고 협의사항에는 전입금의 전입시기를 포함하도록 했다.
종전 시행령은 교육감이 지방의회에 예산안을 제출할 때 서면협의시 수렴한 지자체장의 의견만 첨부하도록 하고 있었지만 개정안은 실질적 협의를 유도하도록 협의절차를 규정해 교육감과 지자체장 간의 협의 결과를 예산안에 첨부하도록 했다.
교육감과 지자체장은 특별한 사유가 없는 한 협의된 사항을 준수하도록 의무를 명시해 협의의 구속력을 강화했다.
교육부는 시행령 개정을 통해 교육감과 지자체장 간 협의 절차가 구체적으로 규정돼 실질적인 협의가 이뤄져 지방교육행정협의회를 통해 어린이집 누리과정 비용 지원 업무와 관련 교육청과 지자체 간 협력과 소통이 강화될 것으로 기대하고 있다.