동아일보에 따르면 진도 VTS 측은 이 같은 근무 태만을 감추기 위해 감사원과 검찰 조사를 받기 전에 VTS의 관제실 내부 폐쇄회로(CC) TV 기록 일부를 고의로 삭제한 것으로 알려졌다.
광주지검 해경수사전담팀(팀장 윤대진 형사 2부장)은 세월호 참사 당일인 지난 4월 16일 진도 VTS의 교신 내용과 근무일지 및 CCTV 등을 분석한 결과, 근무인원 8명 중 최소 2명 이상이 관제실에서 자리를 비운 사실을 확인했다.
진도 VTS는 근무수칙상 정원 16명 중 8명이 한 조를 이뤄 근무해야 한다.
검찰은 CCTV 기록을 삭제한 관련자들을 증거인멸 등의 혐으로 형사처벌함과 동시에 삭제 과정에 해경 관계자들의 조직적 은폐 시도가 있었는지 추가로 확인하고 있다.
또 검찰은 VTS 관제실을 이탈한 직원과 이들을 관리 감독해야 할 VTS 관계자 10여 명을 모두 직무유기 등의 혐으로 형사처벌하기로 했다.