목포 서해지방해양경찰청에 설치된 대책본부에는 정홍원 국무총리가 본부장을 맡아 부처 간 역할 분담과 조정을 진두지휘한다.
이를 위해 정 총리는 이날부터 현장(대책본부)에 상주하며 직접 현장을 지휘할 계획이었으나 여러 가지 상황을 감안, 일단은 서울에서 구조 및 수색활동을 이끌기로 계획을 변경해 혼선을 빚기도 했다.
대책본부의 부본부장은 이주영 해양수산부 장관과 강병규 안전행정부 장관이 맡는다. 위원으로는 교육부ㆍ복지부ㆍ국방부ㆍ문체부 장관 등과 해양경찰청장, 소방방재청장, 해군참모총장, 전남지사가 참여한다.
한편, 정부는 이날 오후 정 총리 주재로 열려던 국가정책조정회의를 취소하고 세월호 인명구조 및 사고수습에 총력을 기울이고 있다.