윤 후보자는 이날 국회 외교통상통일위 인사청문회에 출석, 무소속 박주선 의원으로부터 “이명박 대통령이 독도를 방문하고 일본의 반응이 강해졌는데, 앞으로 박 대통령이 독도를 방문하려 할 때 어떻게 건의하겠는가”라는 질문을 받고 이같이 답했다.
그는 “일본과 독도에 관련한 문제들의 경우, 일본 측에서 원인 제공을 하는 측면이 있다”면서 “이명박 대통령이 독도를 방문하고 상황이 특별히 악화됐다기보다는 일본의 분쟁지역화 전략이 시대에 따라 더 강화된 것”이라고 설명했다.
노무현 정부에서 청와대 외교안보수석을 지냈던 윤 후보자는 “ 여정부 시절 9·19 공동성명을 포함한 후속 조치는 6자회담 당사국과 결과물이기 때문에 비록 지금 잘 안되지만 이어받아서 6자회담 재개를 포함한 비핵화 협의를 계속 추진해야 한다”는 견해를 보였다.
또 “새 정부는 6자회담 뿐 아니라 새로운 동력을 부여할 방안에 대해 많은 검토를 하고 있다”면서 “한미중 대화를 통해 효율적 방식이 있다면 추진할 것”이라고 말했다.
전작권 이양에 대해서는 “전환 일정에 변화를 줄 이유가 없다”면서도 “그러나 내년에 종합검토 시기가 오기 때문에 포괄적인 검토를 해야 한다”고 강조했다.
윤 후보자는 북방한계선(NLL) 논란과 관련, “대선 과정에서도 ‘우리의 안보를 지키는 생명선’, ‘휴전선과 마찬가지로 서해의 해상 군사분계선, 실질적인 영토분계선’이라는 얘기가 많았다”면서 “NLL을 존중해야 한다는 것은 여야간 큰 차이가 없는 일관된 입장인데다, 쌍방을 관할하는 지역을 존중하는 합의정신이 있기 때문에 이를 계속 유지해야 한다”고 주장했다.