대한항공은 자료를 통해 몽골항공과 부당한 방법으로 담합을 한적이 없으며 이와 관련해 어떤 행위라도 일체 하지 않았다고 주장했다.
특히 대한항공은 "인천-울란바토르 노선의 신규 경쟁사 진입 문제는 한, 몽골 정부간 합의로 결정되며, 양국 정부간 현격한 입장 차이에 따라 합의에 이르지 못했음에도 불구하고, 마치 정부간 협상이 항공사에 의해 좌지우지되어 무산된 것으로 본 것은 매우 부적절한 인식이다"고 밝혔다.
이에 따라 대한항공은 공정위가 각종 통계자료를 잘못된 이해로 부분 인용한 것은 부적절한 처사라고 주장했다.
한편, 공정거래위원회는 대한항공이 몽골 노선에 취항을 하면서 몽골 정부와 부적절 한 관계를 통해 노선을 독점하고 있다는 의견을 내어 놓은 바 있다.