감사원이 이날 공개한 ‘자본거래 등 주식이동 과세실태’ 감사결과에 따르면, 국세청은 법인 간 합병시 피합병 법인 주주가 합병 신주를 교부받아 생긴 의제배당소득에 대해 합병일을 기준으로 구분된 ‘주식 등 변동 상황 명세서’ 제출의무 이행 여부를 점검하지 않거나 합병배정명세서를 주기적으로 수집하지 않았다.
그 결과 11개 피합병법인 주주 72명의 종합소득세 50억여원의 과세가 누락됐고, 피합병법인의 배당소득세 원천징수의무를 승계한 11개 합병존속법인으로부터 징수해야 할 의제배당소득에 대한 원천징수 소득세 등 37억여원이 덜 걷혔다.
감사원은 이를 포함해 국세청이 법인세와 종합소득세 등 362억여원을 덜 징수한 사실을 적발, 이를 추가 징수토록 시정을 요구했다.
감사원은 서울지방국세청에 대해서도 “계열사 간 지급보증 채무를 피하려고 부동산을 저가에 넘겨준 뒤 주식을 고가에 넘겨받는 수법으로 이익을 나눴는데도 이에 대한 검토를 소홀히 해 법인세 113억여원을 덜 징수했다”며 추가 징수 방안을 마련하라고 통보했다.
서울국세청은 또 주식 실소유자가 사주인데도 임의로 작성된 주주명부에 이전부터 사주 자녀 명의로 돼 있다는 점을 인정, 증여세(503억원) 부담 없이 사주일가 간 주식을 무상이전토록 한 것으로 나타나 추가 징수 방안 마련을 요구받았다.
이밖에 감사원은 “주권상장법인 대주주의 주식 양도분 취득가액은 종전의 선입선출법이 아닌 후입선출법을 적용하는 것이 타당하다는 대법원 판례가 나왔는데도 통일된 지침을 내리지 않아 여전히 선입선출법을 적용하는 경우가 많다”며 주의를 요구했다.
이번 감사는 국세청 본청과 서울`중부지방국세청 등이 지난 2008년 1월부터 작년 3월까지 처리한 주식변동조사 및 주식 관련 재산세제 세원관리 업무를 대상으로 작년 3월 예비조사, 4~5월 실지감사를 거쳐 실시됐다