만약 국가에 세금을 내는 납세자라면, 헌법과 법률에 따라 ‘납세자 권리’를 보장받을 수 있다.

이 권리는 ‘납세자권리헌장’에 의해 명시되고, 지켜지고 있다. 헌장에는 납세자의 과세정보는 비밀을 보호받고, 국세공무원으로부터 공정한 대우를 받을 수 있으며, 위법·부당한 처분·절차로 권익을 침해당하면 구제받을 수 있다는 내용이 담겨 있다.

세무조사에 대해서도 신고 등 협력의무를 이행하지 않거나, 구체적인 조세탈루 혐의가 없는 한 성실하다고 추정되고, 법령에 의해서만 세무조사 대상으로 선정된다고 명시한다. 이 외에도 세무조사 기간·사유 사전 통지, 조사 연기 요구, 세무대리인 조력, 명백한 조세탈루혐의 등이 없을 시 중복조사 불가 등을 포함했다.

과세당국은 납세자보호위원회, 납세자보호담당관 제도 등을 통해서도 납세자의 권익 보호에 힘쓰고 있다.

납세자보호위원회는 국세행정 집행 과정에서 납세자 권익보호 사안을 보다 공정하고 투명하게 처리하기 위해 세무서, 지방국세청 및 국세청에 설치된 기구다. 지방국세청과 세무서의 납세자보호위원회는 ▲중소규모납세자 외의 납세자에 대한 세무조사 기간 연장과 범위 확대 ▲중소규모납세자의 세무조사 기간 연장과 범위 확대에 대한 세무조사 일시중지와 중지 요청 ▲위법·부당한 세무조사와 세무조사 중 세무공무원의 위법·부당한 행위에 대한 납세자의 세무조사 일시중지와 중지 요청 ▲장부 등의 일시 보관 기간 연장 ▲고충민원 등 납세자의 권리보호를 위해 납세자보호담당관이 심의가 필요하다고 인정하는 안건 등을 심의한다. 국세청의 납세자보호위원회는 지방국세청과 세무서의 심의 내용 중 세무조사에 대한 결정을 재심의한다. 납세자보호위원회는 납세자보호(담당)관을 제외한 모든 위원을 조세·법률·회계 분야에 전문적인 학식과 경험이 풍부한 민간위원으로 구성된다. 소속 위원들은 심의 과정에서 알게 된 민원인, 조사대상자 등에 대한 과세정보를 타인에게 제공할 수 없고, 위원회의 회의 내용은 공개되지 않는다.

납세자보호담당관은 세금의 부과·징수, 조사과정에서 불가피하게 일어날 수 있는 납세자의 억울함을 해결하고 납세자 불만을 적극적으로 해소해 납세자의 권익을 보호하는 국세전문 옴부즈맨 제도다. 조사 부서와 납세자보호담당관실이 서로 견제와 균형을 이루어 세무조사가 세법에 따라 공정·투명하게 이루어지고, 청탁이 없는 깨끗한 조사 환경 조성을 위한 예방적 기능을 수행한다.

납세자권리보호요청 제도도 존재한다. 이는 세무관서장의 처분이 완료되기 전 사항으로 국세행정 집행(예정) 과정에서 납세자의 권리가 부당하게 침해되고 있거나 권리침해가 현저히 예상되는 경우 납세자보호담당관에게 권리보호를 요청하는 제도다.

납세자의 권리보호요청이 접수되면 납세자보호담당관이 사실관계를 확인하고 적절한 권한을 행사해 시정조치를 취한다. 세무조사와 관련된 권리보호요청은 관할 세무관서장이 납세자보호위원회의 심의를 거쳐 처리하고, 납세자는 관할 세무관서장의 결정에 대해 7일(7일이 경과하기 전에 세무조사 기간이 종료되는 경우에는 그 종료일) 이내에 국세청장에게 그 결정의 취소 또는 변경을 요청할 수 있다.