방통위는 "이번 감사에서는 재단의 기관운영에 대한 사항뿐만 아니라, 특히 그간 정치적 편향성 등에 대한 지적이 있었다"며 "보조사업자의 자진 해산 등으로 사업 일부가 중단된 팩트체크 사업에 중점을 두어 보조사업자 선정, 사업 수행·보조금 집행 등 절차 전반을 체계적으로 점검했다"고 설명했다.
방통위는 재단이 2021년 팩트체크 사업 중 당초 방통위로부터 사업계획을 승인받은 '팩트체크 플랫폼 운영 및 고도화' 사업을 방통위의 변경승인 없이 '플랫폼 운영'과 '기능 고도화' 2개 사업으로 분할한 후, 공모 등의 절차 없이 '기능 고도화' 사업 수행 단체를 임의로 지정해 사업을 수행했다고 판단했다.
또 2020년 팩트체크 사업의 보조사업자 공모 시 신청자가 필수 항목을 누락한 채 사업수행계획을 제출했는데도 그대로 접수·심사해 보조사업자로 선정했다고 봤다. 이에 대해 방통위의 변경승인 없이 사업을 분할하고 그 보조사업자를 임의로 지정한 관련자에 대하여 문책요구하고, 보조사업 공모 시 신청자가 필수 항목과 서류를 제출하지 않았는데도 심사하는 사례가 재발하지 않도록 주의를 요구했다.
방통위는 재단이 2020년 팩트체크 사업 결과물인 팩트체크 플랫폼의 소유권이 방통위에 있다는 당초 공고와 달리 팩트체크 플랫폼의 소유권을 보조사업자에 귀속시키는 것으로 협약을 체결했고, 2021년 사업 결과물인 팩트체크 모바일 앱의 소유권이 재단에 있다는 당초 공고와 달리 팩트체크 모바일 앱의 소유권을 재단이나 보조사업자가 아닌 제3의 단체에 귀속시키는 것으로 협약을 체결했다고 설명했다.
또한 협약서 검토 과정에서 당초 공고 내용 등이 제대로 보고·검토되지 않았을 뿐만 아니라, 보조사업자의 자산 취득을 위한 예산조정 절차도 거치지 않았다는 지적이다.
이에 방통위는 2020년 팩트체크 플랫폼의 소유권을 부당하게 이전 결정한 관련자에게 경고(징계시효 도과)했다. 2021년 팩트체크 모바일 앱의 소유권을 부당하게 이전 결정한 관련자에 대해서는 문책요구하는 한편, 이사장에게도 앞으로 유사사례가 재발하지 않도록 엄중 경고했다.
방통위는 팩트체크 사업의 공정성, 효율성·효과성 제고를 위해 재단이 팩트체크 플랫폼을 운영하면서 복수의 팩트체크 기관을 선정하고, 독립적 형태의 팩트체크 사업 운영위원회를 구성하도록 한다는 계획이다. 또 공신력 있는 기관으로부터 사업수행실적을 평가받는 등 팩트체크 사업을 체계적으로 개선해 나갈 방침이다.