자유학기제는 중학교 과정 중 한 학기 또는 두 학기 동안 지식‧경쟁 중심에서 벗어나 학생 참여형 수업을 실시하고 학생의 소질과 적성을 키울 수 있는 다양한 체험 활동을 중심으로 교육과정을 운영하는 제도다. 2016년 전면 시행됐다. 자유학기제 기간 학교생활은 교과수업과 자유학기 활동으로 나눠 진행된다. 오전에는 국‧영‧수 등 주요 교과수업이 이뤄진다. 이 수업은 기존 수업과 달리 토론, 실험‧실습, 프로젝트 학습 등 학생이 주도적으로 참여하는 방식이다. 평가 역시 시험이 아닌 자기성찰평가나 포트폴리오, 수행평가 등이 대신한다. 오후에는 진로탐색 활동, 주제선택 활동, 예술‧체육활동, 동아리활동 등의 활동을 할 수 있다. 진로탐색은 직업탐방이나 일터체험, 진로검사‧초청강연으로 적성과 소질을 탐색해 스스로 미래를 설계할 수 있도록 돕는다. 주제선택은 헌법, 경제‧금융, 고전 토론, 체험 수학, STEAM 과학 등 학생 의 흥미, 관심사에 맞는 체계적이고 심층적인 프로그램을 운영한다. 예술‧체육은 연극, 뮤지컬, 오케스트라, 디자인, 축구 등의 활동으로 학생들의 소질과 잠재력을 찾아낸다. 특기‧적성과 자율적 문제해결 능력을 키워주는 동아리 활동은 문예토론, 과학실험, 천체 관측 등 학생들의 공통된 관심사를 기반으로 운영된다.
자유학기제는 시행하는 학교의 학생-교사-부모 모두에게 높은 만족도를 보였다. 교육부에 따르면, 2013년부터 2015년도까지 자유학기제를 운영한 연구학교 및 희망학교와 일반학교의 운영만족도 조사 결과, 연구학교 및 희망학교에서 일반학교에서 보다 만족도가 높았다. 학생들은 교육과정 및 수업, 교육결과, 학교생활만족감, 전반적 만족도가 상승했다. 교사들도 교육과정 편성‧운영 측면에서 동료 교사와 소통이 늘고, 자율성을 발휘해 수업을 진행했다. 학부모들은 자녀와의 대화가 늘어난 것에 만족감을 보였다.