손 총장은 이날 기술원 구성원들에게 보낸 편지에서 "DGIST의 새로운 출발을 위해 새로운 리더십이 필요하다고 판단해 오는 30일 자로 사임서를 제출했다"며 "DGIST가 빨리 안정되고 핵심 사명인 연구와 인재 양성에 집중할 방안을 찾아야 한다"고 말했다.
과학기술정보통신부가 지난 7월부터 한 달여 동안 DGIST에 대한 장기간 감사를 진행했다. 과기정통부는 감사에서 손 총장이 직권을 남용해 펠로(Fellow) 재임용 부당 지시, 부패신고자 권익 침해, 연구비 부당집행 등 비위를 저지른 것으로 확인했다며 이사회에 징계를 요구했다.