협약에 따라 △중증외상 △심근경색 △심정지 △뇌졸중 등의 의증 △기타중증응급질환자는 닥터헬기를 이용할 수 있게 됐다. 운항시간은 일출시부터 일몰시까지다.
닥터헬기 운항요청은 119구급대와 보건의료기관 의사, 보건진료원이 할 수 있으며, 운항절차는 운항요청자가 단국대병원에 요청하면 병원 응급전문의와 닥터헬기 기장, 운항관리사가 환자의 상태, 기상 등 운항여건을 판단·결정해 5분 내 출동하게 된다.
헬기 내에는 응급의료 장비가 장착되어 있으며, 응급의학 전문의와 응급구조사가 탑승해 응급진료 등 적절한 치료를 진행하면서 병원까지 이송하게 된다.
현재 닥터헬기는 전국 6개 권역에 9대가 배치 운용 중인가운데 세종시는 충남(세종, 대전)권역의 거점의료기관인 단국대병원에 배치되어 있는 헬기를 이용하게 된다.