북한의 미사일 발사가 있은 직후부터 일본 정부는 전국순간경보시스템(J얼럿), 엠넷(Em-Net), 휴대전화 긴급속보 메시지를 통해 일제히 전 국민들에게 알렸다.
NHK는 이날 오전 6시 2분쯤 정규방송을 중단하고 '국민 보호에 관한 정보'라며 “북한의 미사일 발사 가능성이 있다. 튼튼한 건물이나 지하로 피난해 달라”며 “대상 지역은 홋카이도, 아오모리, 이와테, 도치기, 나가노 현 등 12개 지역”이라고 전했다.
이어 홋카이도를 비롯한 각 지역을 비추면서 “북한 미사일이 오전 6시 6분께 홋카이도 상공을 통과한 것으로 추정되며 6분 후 홋카이도 에리모미사키의 동쪽 1180㎞ 태평양에 낙하했다”며 자국 정부 발표를 인용해 오전 6시 35분까지 북한 미사일 발사부터 일본 영공 통과, 낙하 사실을 전했다.
아베 총리는 국가안전보장회의(NSC)를 주재하고 오전 7시 56분쯤 기자들에게 북한의 미사일 발사에 대해 “폭거다. 북한의 미사일 발사 직후부터 (미사일의) 움직임을 완전하게 파악했다”고 말했다.
아베 총리는 이 날 오전 9시 24분 도널드 트럼프 미국 대통령과 통화했다. 이 날 통화에서 양 정상은 지금은 북한과 대화할 때가 아니고 압박을 강화해야 한다는 데 뜻을 모았다.
일본 정부 대변인격인 스가 요시히데 관방장관은 이날 오전 8시 49분 긴급 기자회견에서 “중국 베이징에 있는 대사관 루트를 통해 북한에 엄중히 항의하고 가장 강력한 표현으로 단호히 비난했다”며 “북한의 미사일 발사는 우리나라로선 결코 용인할 수 없다. 유엔 안전보장이사회 결의에 대한 명백한 위반”이라고 비판했다.
이 날 일본 니케이225(NIKKEI225)지수는 1만9362.55로 전일보다 87.35포인트 하락했다.
합동참모본부는 이날 "북한은 오늘 오전 5시 57분경 평양시 순안 일대에서 불상 탄도미사일 1발을 동쪽 방향 일본 상공을 지나 북태평양 해상으로 발사했다“며 ”비행거리는 약 2700여km, 최대고도는 약 550여km로 판단했으며 추가 정보에 대해서는 한미가 정밀 분석 중“이라고 밝혔다.