교육부는 이같은 방침에 대해 지난해 말 지방교육재정교부금에 대해 의무지출과 재량지출로 구분하도록 개정되면서 누리과정이 의무지출경비로 편성돼야 하는데도 시도교육청에서 편성을 미루는 등 국가 정책과 예산 편성 사이의 괴리가 있어 이를 명확히 하는 차원에서 취한 조치라고 설명하고 있다.
전국교직원노동조합은 이같은 방침에 대해 법적으로 지방교육재정교부금은 교육감이 교육기관이나 교육행정기관에 대해 집행하는 것으로 유・초・중・고 교육을 위한 예산으로 보육기관인 어린이집의 누리과정을 위해 지방교육재정교부금을 집행해서는 안 된다고 지적했다.
소규모학교 통폐합과 교사 수 감축 추진 방침을 정부가 밝힌 데 대해서도 전교조는 농산어촌 소규모 학교가 사라지면 지역 공동체의 해체가 가속화될 것이라고 우려했다.
정진후 정의당 의원도 정부가 누리과정을 의무지출경비로 지정하겠다는 방침으로 지방재정법 시행령을 고쳐 내년 예산부터 적용할 것으로 예상되는 가운데 누리과정 갈등을 키우거나 유초중고등학생들의 피해를 낳을 수 있다고 지적했다.
정 의원은 교육청에게 누리과정 예산을 지원하도록 하는 것은 현재 법적인 근거가 미비하며 시설비 대부분을 지방채로 하거나 학교기본운영비를 삭감하는 등 결과적으로 초중등교육의 학생들이 피해를 입게 된다고 우려했다.
정 의원은 법적 근거의 정비와 지방교육재정 확대가 먼저이고 유보통합이나 누리과정 국고 지원이 우선으로 이런 선행조치 없이 교육청들에게 누리과정 예산 편성을 강제하면 갈등과 피해만 커질 것이라고 지적했다.
정 의원은 또 교부금 배분기준에서 학생수 비중을 확대하는 것은 시도교육청 모두의 동의가 필요하며 수도권 교육청 예산이 늘어나고 경기도를 제외한 도 단위 교육청은 줄어드는 결과로 귀착될 수 있다고 우려했다.