천연동굴 일제조사 사업은 전국의 알려지지 않은 천연동굴에 대한 분포 현황과 형성 가치 등 학술 기초자료를 구축하고, 문화재 지정과 보존․활용 체계를 마련하기 위해 2002년부터 추진 중이다. 사업을 통해 현재까지 제주특별자치도와 충청북도를 비롯하여 강원도 일부 지역의 천연동굴 등 약 950여 개가 조사됐다.
천연동굴은 신비한 자연경관과 특수한 지질, 희귀한 동굴 생성물의 보고(寶庫)로 학술적인 가치를 지녔을 뿐만 아니라 교육, 관광자원으로도 활용되고 있는 등 천혜의 자연유산으로 주목받고 있다. 현재 국가지정문화재 천연기념물로 지정된 동굴은 19건이며, 만장굴과 김녕굴 등 제주 용암동굴은 그 가치를 전 세계적으로 인정받아 2007년 유네스코 세계유산으로 등재되었다.
문화재청은 앞으로 천연동굴 일제조사 사업을 연차적으로 추진하여 강원도 지역의 조사를 완료하는 한편, 경상도 지역의 동굴에 대해서도 조사할 예정이다.