지역아동센터 건강주치의제 사업은 개인별 맞춤식 건강상담과 일반적 질병의 사전 예방, 치료, 처치 등을 위한 포괄적 의료서비스 사업이다.
보건소 의료 인력이 월1회 지역아동센터를 방문하여 체지방 검사와 빈혈검사, 신체발달, 영양상태 등을 확인하고 정기 진료 후 2차 진료가 필요하다고 판단될 경우, 해당 병원까지 안내해 건강 위해요인을 조기에 파악할 수 있도록 돕고, 운동, 영양 등 건강생활실천 교육을 병행한다.
또 '건강과일바구니 사업'을 도입해 취약계층 아동에게 간식으로 과자나 패스트푸드 대신 과일 1인 1회 분량인 약 100g씩의 제철과일을 제공하여 과일 먹는 습관을 길러줌과 동시에 고른 영양섭취를 통해 만병의 근원인 비만을 예방하게 된다.