이로 인해 야당 의원들로부터 '동문서답, 얼렁뚱땅, 시간끌기'를 하고 있다는 비판과 함께 교육수장으로서 자격이 없다는 거센 질타를 받았다.
김명수 후보자는 제자 및 자신의 논문에 대한 표절 의혹에 대해 "일반적으로 공유되는 내용이 들어간 것"이라면서 "그 분야에 있는 사람들에게 알려진 사실이기 때문에그렇게 쓰였고, 표절이 아니다"고 반박했다.
그는 "표절은 특수한 용어나 새로 만들어진 단어 등 이런 것을 인용 없이 쓰는 경우가 표절"이라고 주장하기도 했다. 다만 "세심하게 보지 못해 인용표시 없이 실린 것은 사과드린다"고 말했다.
제자를 통한 언론기고문 대필 의혹에 대해서는 "대필이 아니다. 대학원생들에게 글 쓰는 연습(을 시켜준 것이라고 생각한다)"면서 "정말 억울하고 수십 년간 쌓아온것이 무너지는 기분"이라고 말했다.
김명수 후보자는 "제가 쓸만한 방향, 내용 이런 것을 얘기해주고 자료를 찾아오게 하고, 원고를 내라고 했다. 그러면 제가 써서 제출한 것이다. 부도덕한 짓거리를 하지는 않았다"고 주장했다.
같은 논문을 여러 곳에 게재해 연구비를 부정수령했다는 지적에 대해서도 "인건비성 보조에 해당하는 것"이라면서 "잘못된 관행이라 해서 다시 반납했다"고 말했다.
김명수 후보자는 "파렴치하게 살아온 사람이 아니다"면서 "제 인격 등이 모두 무너진 상황에서 물러설 곳이 어디 있겠느냐. 국민 판단에 맡기겠다"면서 사퇴 의사가 없음을 분명히 밝혔다.
그는 모두발언에서도 "저 자신을 좀 더 다스리지 못한 과오에 대해 깊은 성찰의시간을 가졌다. 심려를 끼쳐 드린 점에 매우 유감스럽다"면서도 "당시 학계의 문화나 분위기 등을 감안해 판단해 주셨으면 한다"고 말했다.
김명수 후보자는 5·16에 대해 "단정적으로 말씀드리기보다는 불가피한 선택 아니었겠느냐"면서 "당시 상황을 봤을 때 우리 대한민국이 최빈국 가운데 하나였고, 여러 가지로 상황이 어려웠다"고 평가했다.
이어 "역사적으로 볼 때 아직도 생존자가 남아있고 하니 좀 더 후에 판단하는 게 좋지 않겠느냐"면서 "저는 쿠데타보다는 정변이라는 데 생각이 더 가 있다"고 말했다.
사교육업체인 아이넷스쿨 등에 대한 주식투자 논란에 대해 "수업시간에 하지 않았다. 문제가 안된다"면서 "이제는 주식투자를 하지 않으려고 한다"면서도 "쉬는 시간에는 얼마든지 (할 수 있는 것 아니냐)"라고 주장했다.
그는 "여러 번 (주식투자를) 했다. 잃었다. 손해 본 것이 많다"면서 "특히 문제된 아이넷스쿨에서 손해를 많이 봤다"고 말했다. 내부자거래 지적에 대해서는 "내부자 거래를 했으면 어떻게 손해를 봤겠느냐"고 반문하기도 했다.