정 후보자는 논문 중복게재와 대기업인 현대엘리베이터 사외이사 겸직 논란 등으로 야당 의원들과 한때 공방을 벌이기도 했다.
새정치민주연합 노웅래 의원은 "92년과 97년에 구입한 잠원동 아파트 두 채의 시세차익이 20억원에 달한다"면서 "투기 목적의 구입이 아니냐"며 정 후보자의 부동산 투기의혹을 제기했다.
같은당 정청래 의원도 "정 후보자는 빌라 위장전입한 사실이 있다. 이는 주민등록법 위반인데, 주무부처 장관이 이런 식이면 다른 위반자를 처벌할 때 뭐라 말할 수 있겠나"고 질타했다.
'특혜' 군 복무 문제도 도마 위에 올랐다. 복무기간 대학원에 다니며 박사과정을 수료하고 경원대에 시간강사로 출강까지 한 사실이 문제가 된 것이다.
박남춘 의원은 "장교라고 해서 박사학위를 하는 게 당연하다는 후보자의 인식이 타당하냐"고 질타했고, 정청래 의원은 "국방부 입장을 들어보니 당시 지휘관이 출강을 허락했다면 지휘관의 직위해제감이라고 한다"며 "지휘관의 이름을 대라"고 추궁했다.
이에 대해 정 후보자는 "이런 논란을 불러일으켜서 정말 죄송하다"면서도 "법무장교로서 최선을 다해서 직무를 수행했다"고 억울함을 호소했다.
강창일 의원은 서울대교수 재직시 현대엘리베이터 사외이사 등 각종 대외겸직활동에 따른 억대 수입에 대해 "주객이 전도되는 생을 살아온 셈이다. 결과적으로 입각이나 정치에 목적을 둔 활동이 아니냐"고 지적했다.
야당의 추궁이 이어진 반면 반면 여당 의원들은 각종 의혹에 대해 정 후보자를 대신한 설명하는 한편 충분한 해명의 기회를 주는 등 옹호하는 모습을 보였다.
새누리당 김장실 의원은 "학생 교육이나 연구수행에 지장이 없다면 대학교수의 사외이사직 겸직에도 긍정적인 측면이 있지 않냐", "사외이사회 참석률이 70%에 그친 것 또한 학생지도와 연구로 바빠서 그랬던 것이 아닌가"라며 감싸기 발언을 했다.
같은 당 이철우 의원은 특혜 군복무 의혹에 대해 "현재는 복무규정이 바뀌어 심사를 통해 (외부활동) 허가를 받게 돼있으나, 당시 법무관들은 대부분 상관의 허가를 받고 다른데로 나간 관행이 있었다"고 정 후보자를 대신해 설명하기도 했다. 그러면서도 "이런 잘못된 관행들에 대해 국민께 사과하는 마음을 다시 한번 가질 필요는 있다"고 덧붙였다.
박인숙 의원은 논문 중복게재 논란에 대해 "인용 기준 등에 대한 개념이 별로 없었을 때 작성됐고, 문제가 된 논문 가운데 2건은 학술지가 아닌 잡지에 실린 것"이라면서 "학술지에 났던 글을 잡지에 싣는 것은 문제가 아니다"라고 두둔했다.
조원진 의원은 군 복무와 논문 중복게재 등은 잘못이 분명하다면서도 과거 참여연대와 경실련 활동 경력과 특별검사제 도입 찬성 입장 등을 언급하며 정 후보자의 '개혁 성향'을 부각시켰다.