해당 학교는 2009년 교육부의 기숙형고등학교로 지정되고 나서 해마다 1억원 안팎 운영비를 받고 있는데, 이는 교육청이 지정한 도내 22개 기숙형고등학교에 지원하는 연간 평균 3600만원보다 약 3배 많다.
이에 대해 특혜 의혹이 불거지자 도교육청은 교육부 지정 기숙형고교와 도교육청 지정 기숙형고교의 지원액수 차이가 나는 것에 따른 오해라고 설명했다.
도교육청 관계자는 "교육부가 지정한 기숙형고교와 교육청 지정 기숙형 고교는 지원비가 다를 수밖에 없다"면서 "교육부와 교육청이 지원하는 항목이 달라 비교하는 것은 맞지 않다"고 말했다.
이어 "교육부 지정 기숙형고교의 경우 도·농간 교육격차를 없애고 새로운 기숙사문화를 정착하기 위해 지정한 것으로 도내 총 20개 학교가 비슷한 액수를 지원받고 있다"면서 "진주외고가 더 많은 운영비를 받았다는 것은 사실과 다르다"고 덧붙였다.
오히려 진주외고의 경우 지난해 1억1129만원을 받아 20개 기숙형고등학교 가운데 하위권에 속한다고 강조했다.
또 이 학교가 2006년 3월 자율학교로 지정돼 전국에서 학생을 모집할 수 있게 된 것을 두고 특혜의혹이 제기된 부분에 대해선 "당시 도내 고교들을 대상으로 신청을 받았는데 진주를 중심으로 한 서부 경남지역에서는 이 학교를 포함해 2개 고교만 신청했고 시설 등 측면에서 나은 이 학교가 선정됐다"면서 "특혜는 전혀 없었다"고 했다.
당시 교육감이 고영진 현 교육감이었다.
한편 이 학교는 고 교육감의 작고한 부친이 1970년대 초반에 인수했으며, 1993년부터 고 교육감의 부인이 이사장을 맡았다. 한때 고 교육감이 교장으로 재직하기도 했다.