중간보고서에는 STAP 세포가 몸의 세포로 만들어진 것을 보여주는 유전자 분석 결과의 일부 사진이 가공됐다고 인정했다. 이 부분은 논문의 근간에 관여된 부분으로 부절한 점은 인정되지만, 고의적으로 부정행위가 있었는지는 신중하게 조사하겠다는 내용이 포함됐다.
또 STAP 세포에서 태반이 만들어진 것을 입증하는 두 종류의 사진에 대해서도 "재사용"을 인정했다. 다만 고의적인 행위는 아니라고 명시했다.
그 외에도 STAP 세포가 여러가지 세포로 변형이 가능한 만능세포임을 증명하는 유력한 근거가 된 사진이 이화학연구소의 다른 박사 논문에 게재된 사진과 흡사하다는 문제에 대해서도 계속해서 조사해 나가겠다고 밝혔다.