조직개편을 통해 기존 1총괄 부사장, 4개 부문, 17본부, 102개 팀을 3부문, 14담당, 3실, 68팀으로 개편했다. 이로써 2013년 6월말 현재 임원 수 44명을 총 26명으로 40%를 줄였으며 팀 수는 모두 34개가 줄어들게 된다.
STX조선해양은 조직 분위기를 쇄신하고 차세대 리더의 육성 기반 마련에 목적을 두고 조직 개편을 단행했으며, 대팀제를 확대해 단순하고 유연한 조직으로 운영하고, 이전 최대 7단계의 결재선을 4단계로 단일화해 의사결정의 신속성을 꾀했으며 유사 사업부분의 통폐합을 통해 인적 자원을 전진 배치했다고 설명했다.
STX조선해양은 지난 4월 자율협약을 신청해 채권단의 실사, 동의 등의 절차를 거쳐 7월 31일 자율협약을 체결했으며 9월 27일 기존 류정형 STX조선해양 부사장을 새 대표이사로 선임하고 이 날 경영정상화를 위한 첫 걸음인 조직개편을 단행했다.