양 기관은 입장자료를 통해 먼저 의견을 밝혔지만 이후 이어진 국정감사에서 장관과 사장이 직접 나와 해명을 이어갔다. 해명은 의견자료보다 이견을 나타내는 쪽에 가까웠다.
지난 22일 국정감사에 출석한 성윤모 산업부 장관은 월성1호기 조기 폐쇄에 대한 감사원 감사 결과와 관련해 "경제성 평가 변수 선정 등에 있어 일부 기술적 검토가 미흡했다는 지적이 있었지만, (감사원이) 경제성 평가 자체를 부정한 것은 아니다"라며 "(관련)자료 삭제는 유감스럽게 생각한다. 산자부 차원에서 조직적으로 한 것은 아니다"라고 말했다.
경제성에 관한 질의에서도 성 장관은 여러 평가방법이 있고 변수에 따라 다르기 때문에 여러 가능성이 있다고 답했다. 월성 1호기의 경제성 평가 과정도 조작하지 않았다고 성 장관은 답변했다. 또한, 월성 1호기 조기 폐쇄는 대통령의 공약과 국정과제, 국무회의 등 프로세스를 거쳐서 이뤄졌다고 말했다.
감사범위에 관해서도 경제성 외 안전성, 지역 수용성 등을 종합 고려한 월성1호기 조기폐쇄 결정에 문제가 있다고 확인되지 않았으므로 월성 1호기의 조기폐쇄에 대한 정책 추진에 변화가 없을 것이라고 선을 그었다.
정재훈 한수원 사장도 이어진 23일 과학기술정보방송통신위원회 국감에서 주장을 강하게 펼쳤다. 앞서 한수원의 입장 자료에서 감사원의 감사 결과를 원칙적으로 수용한다는 것보다는 강한 태도를 보였다.
정 사장은 과방위 국정감사에서 "감사원 보고서 어디에도 조작이라는 표현은 나오지 않는다"라고 말했다. 한수원의 경제성 조작 가담 의혹에 대해선 "그런 일 없다"라고 일축했다.
정 사장은 또 "입장문에서 ‘원칙적으로 감사원 감사 결과를 수용한다. 후속 조치를 착실히 이행하겠다’고 했다"라며 "다만 경제성 평가에 대해서는 부분적으로 이견이 있다"라고 말했다.