해당 보도에 대검찰청은 "완전한 허위사실"이라며 조국 법무부 장관 가족 수사가 진행되는 상황에서 나온 음해성 보도에 대해 법적 조치를 취하겠다고 밝혔다.
한겨레21은 이날 김 전 차관 사건 재수사 과정에 대해 잘 아는 3명 이상의 핵심 관계자를 취재한 결과 검찰과거사진상조사단이 2013년 검찰·경찰 수사기록에 포함된 윤씨 전화번호부, 압수된 명함, 다이어리 등을 재검토하면서 '윤석열'이라는 이름을 확인했다고 보도했다.
한겨레 21은 김 전 차관 사건 재수사를 맡은 법무부 검찰과거사위원회 수사권고 관련 수사단(단장 여환섭 대구지검장)은 이 보고서 등 자료를 넘겨받았으나 기초적인 사실 확인 노력조차 하지 않은 채 김학의 사건의 재수사를 매듭지었다고 주장했다.
대검은 "주요 수사가 진행되는 상황에서 이런 허위의 음해 기사가 보도되는 것은 대단히 유감"이라며 "사전에 해당 언론에 사실무근이라고 충분히 설명했음에도 불구하고, 이러한 근거 없는 허위사실을 기사화한 데 대해 즉시 엄중한 민형사상 조치를 취할 것"이라고 말했다.