지난 1월 31일 오후4시43분경 인천지하철 2호선 석바위역 하선 승강장에서 215편성 열차가 출발 후 비상제동이 체결되는 상황이 발생, 인천시청역까지 수동운전 후 승객을 하차시킨 뒤 운연기지로 회송 조치하는 상황이 발생되었다.
또한 같은 날짜에 인천 가좌역 상선 승강장에서는 역사 내 승강장 안전문(스크린도어)을 승객이 별다른 이유 없이 강제로 열어젖히려고 무리한 힘을 가해 열차도착 후 승강장 안전문이 열리지 않는 사건도 발생했다.
한편 공사는 지난 2016년 10월 왕길역에서 검단사거리역 사이 터널 내 무단 침입하여 낙서를 한 용의자 두 명을 경찰에 수사의뢰하였고, 범인은 경찰에 검거되어 법원에서 벌금형을 선고받았다.