세종체력인증센터는 국민체력100사업 공모에 당선되어 2016년 5월에 처음 개소하였으며, 2016년 12월까지 지원받은 사업비를 활용하여 운영해 왔다.
2016년도 세종체력인증센터 운영실적을 보면 체력측정 목표인 3,500명을 초과하여 3,602명 체력측정을 실시하였고, 이를 토대로 국민체육진흥공단에서 실시한 평가 결과 신규 센터 8개 시 군 중 1위를 차지하였으며, 전국 체력 왕 선발대회에서도 중년부 남성 1위를 차지하는 등 신규 센터 중에서는 압도적인 성과를 내고 있다.
세종체력인증센터는 종촌복합커뮤니티센터 지하1층에 위치하고 있으며 생애주기별 체력측정, 전문적인 운동 처방 및 관리, 체력증진교실 등을 모두 무료로 운영하고 있으며, 평상 시 센터 방문이 어려운 직장인을 위해 09:00~21:00까지 연장운영을 하고 있다. 또한, 학교‧기관‧군부대 등을 방문하여 찾아가는 체력측정 서비스도 실시하고 있다.