지난 14일 밤부터 15일 밤까지 희생자가 9명이었고, 16일 새벽 강진으로 인한 사망자는 30여 명에 달하는 것으로 알려지고 있다. 부상자는 14일 밤 강진에 따른 피해자 1100여 명을 합치면 3000명을 훌쩍 넘는다. 부상자들은 현재 병원에 옮겨져 치료를 받고 있다.
두 차례의 강진 이후에도 여진이 계속되는 데다 16일 오후부터는 구마모토 지역에 강풍을 동반한 비가 내리고 있어 산사태나 지반 붕괴 등 추가 피해가 우려되고 있다. 일본 기상청에 따르면 첫 강진이 감지된 14일 밤부터 16일 오후 7시까지 발생한 여진 횟수는 315회에 달하는 것으로 분석되고 있다. 지진 규모도 진도 5~7 등 다양하게 분포한 것으로 알려졌다.
2차 강진 피해가 큰 것은 이미 발생한 지진으로 인해 지반이 약화된 상황에서 더욱 강도 높은 지진이 발생했기 때문으로 알려졌다. 또 14일 이후 끊겼던 전기와 수도 등이 복구되면서 대피소에 머물다 집으로 돌아간 주민들이 많은 것도 피해자를 늘렸다.
또 이날 오전 8시 30분께 구마모토현 소재 활화산인 아소산에서 분화가 발생했으나 교도통신 등은 일본 기상청을 인용해 "지진과는 직접 관련은 없는 것으로 보고 있다"고 보도하기도 했다.